海南医学院的前身是海南医学专科学校，由创办于1947年的私立海强医事技术学校和创办于1948年的私立海南大学医学院合并而成。1973年设立直属附属医院。1977年起开办临床医疗专业本科。1983年并入海南大学，改称海南大学医学部。1993年经国家教委批准成立海南医学院，隶属海南省人民政府主管。1994年获准授予学士学位。1996年被国家教委确定为本科教学工作合格学校。2000年校本部从海口市龙华路旧校区迁至学院路新校区。2003年被国家教育部确定为联合培养硕士学位研究生单位。2004年起与北京大学联合招收硕士研究生。